1.對癥下藥。在選擇藥劑時首先要診斷莊稼發生的病害，知道莊稼發生的是什么主要病害。這樣才能做到對癥下藥。因不同類別的殺菌劑有不同的性質、特點和藥理作用，對各種病害的防治效應不同，不是所有殺菌劑對各種病害都有防治作用，并非“萬能藥”。
2.要知道植物殺菌劑的作用性質。根據藥劑對病害防治的作用來劃分，大體分為三類：
保護性植物殺菌劑：這類植物殺菌劑能夠保護未被病菌侵染的部位，免受病菌侵染，需要在作物沒有接觸到病源或病害發生之前，噴藥才可收到效果，如銅制劑（波爾多液），硫制劑（石硫合劑）等。
鏟除性植物殺菌劑：這類藥劑能直接殺死侵入前的病菌和治療已被侵染的施藥部位，常用于消毒，很少直接用于作株上。如用福爾馬林消毒帶菌種子、高錳酸鉀等，粉銹寧對小麥條銹病、白粉病使用方法得當也有鏟除作用。
治療性植物殺菌劑：也叫內吸性殺菌劑，這類殺菌劑被植物吸收傳導后，可阻止植株各個部位的病菌發展蔓延。如多菌靈、甲基托布津、春雷霉素等。
3.不同的農藥使用的方法也不同。

種子種苗消毒殺菌類：包括藥液浸種、藥液悶種、藥劑拌種（干拌、濕拌）、種衣劑、藥液浸蘸秧苗等等。常用的藥劑有拌種雙、福美雙等。種苗包括種子、塊根、塊莖、鱗莖、插條、秧苗、苗木及其它用于繁殖的器官。
土壤處理藥類。屬整體或局部保護，如直接在苗床土壤中施藥品種有、福美雙、敵克松、等。處理土壤可采用以下方法：澆灌法（用水溶性藥液，按每平方米5千 克左右的量澆灌）；犁底或犁溝施藥；翻混法（將藥劑施于土壤表面，然后翻犁土壤，使藥劑翻入土表下面）；注射法（用土壤注射器，按一定藥量和孔距施入土壤 中）等。
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